１階の工事なら、床の骨組みからのやりかえで出来る可能性があります。
２階の場合も床を一度撤去すれば、出来る可能性がありますが、１階の天井を工事中に傷める可能性(工事店のリスク)があるので、

工事店の方とは十分に協議しましょう。あとは、ひとつずつ回答していきます。

金額は当社の参考価格です。あくまで、目安にしてご相談ください。
◆２つの部屋の間の引き戸を障子･･･仕様や枚数によりますが2枚として10数万円前後
◆出窓にも障子をつけたい･････仕様によりますが、7～8万円前後
◆掃き出しサッシ２ｹ所･･････20万円前後
◆床の下地の工事は大きさや現状の検討がつき難いので、概算目安として、
洋⇒和へ【床骨組み変更＋畳6枚】（15～25万円)
和⇒和 【畳のみ入れ替え6枚 (新調)】(6万円前後)
◆壁紙は２間　面積(長さ)によりますし、下地の状態により増額しますが　(10～15万程度)
◆押入れ　　概算20～30万円前後
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
その他、残材処理等、運搬費等の経費がかかります。

総額の目安は１００万円～１５０万円ですが、床の難易度が高ければ＋αをお考えください」