当然、法律的な問題で出来ない事もあるでしょうし、予算の事もあります。
私なりに、ご友人のアドバイスの解説をしてみます。
①「水周り」
　　お風呂やトイレなどは予算的に大きく関わってきますので、順番からすれば一番最後に
　　考える事かもしれません。　ゆっくり入浴したいのに思う時間に入れない事。
　　使い方がお互い気になったり。
②「キッチン」
　　やはり、食の好みや食べる時間帯、作法の問題など、ずっと一緒でなかったので
　　ちょっとした事がストレスになる事もありますし、性格や好みが似ていれば、
　　友人感覚でお母様とお付き合いしている方は、1ヶ所でもよいかもしれません。　　
③「玄関」
　　奥様がお勤めかどうかなどにもよりますが、帰宅が遅いとか、どこかに出かけるのに
　　いつも見られているような錯覚をおこしたりする場合があります。

最初に言ったように全てする事は難しい場合が多く、私が順番をつけるとしたら②⇒①⇒③
ですが、ご自身の事ですので、頭の中でシュミレーションしてみてください。
出来るだけ最初からの工事をおススメしますが、世間体などはあまり気にしない方は
住みだしてからでもよいですが、結構工事中はストレスを感じ、ご両親とも
これをきっかけに不仲になってもいけませんからね。」